В 1989 году на рынке появилось второе поколение среднемоторных купе MR2. В несколько увеличившийся кузов этого автомобиля установили 2-литровый двигатель в двух вариантах: турбированный мощностью 225 л.с. (для модификации GT) и атмосферный мощностью 165 л.с. (модификации G, G Limited).
Характер модели второго поколения, по сравнению с первым, достиг завершенности и конкретности. Первые изменения во второе поколение MR2 были внесены в конце 1991 года. На модифицированное шасси комплектации GT установили амортизаторы Bilstein и LSD (дифференциал повышенного трения).
Следующие изменения коснулись модели в 1993 году: мощность двигателя турбо-версии MR2 возросла до 245 л.с., а атмосферной версии – до 180 л.с. Работа тормозной системы была улучшена за счет системы ABS. Задние крылья снабдили «плавающей конструкцией», были внесены изменения в подвеску. Также были внесены изменения в заднюю оптику. После этого рестайлинг и модернизация MR2 проводились в 1996 и 1997 годах.